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  • 潜在限制


    虽然CUT&Tag技术优势很多,但研究人员发现其还存在一些应用限制,如∶


    1.针对与DNA的结合较弱或短暂,或与染色质间接结合的低表达转录因子,染色质交联和超声处理是检测蛋白质-DNA相互作用
    的必要步骤。


    2.大多数ChIP验证的抗体都是在交联条件下验证的,在非交联条件下可能效果不佳,因为交联条件下的蛋白质表位可用性可能
    与非交联条件下不同。因此,从ChIP转换到CUT&Tag需要确定抗体在未固定条件下的特异性和敏感性。3.由于CUT&Tag文库制备流程与ChIP-seq显著不同,其结果与ChIP-seq联合分析时需要考虑两者的差异。


    4.CUT&Tag中使用的Tn5转座薛对开放梁色质区域有较高的亲和力。因此,CUT&Tag可能更适用于分析组蛋白修饰或与活跃转
    录区域相关的转录因子,而不太适合于分析基因组中沉默或含有异染色质的区域。


    5.消化时间和pA-Tn5的数量需要针对每个目标蛋白优化,以避免非特异性的标签化(Tagmentation)。



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